LC-MS를 공부하거나 프로테오믹스(Proteomics)를 접해본 사람이라면 BSA(Bovine Serum Albumin, Bovine Serum Albumin, 소 혈청 알부민) 라는 이름을 한 번쯤은 들어보셨을 것입니다. BSA는 생화학과 질량분석 분야에서 가장 널리 사용되는 표준 단백질 가운데 하나입니다. 단백질 정량 실험부터 효소 반응의 안정화, 질량분석기 성능 평가, LC-MS Calibration까지 다양한 용도로 사용되며, 연구…
MS1 Peak Intensity 기반 정량과 Spectral Counting 방식 비교 Proteomics LC-MS/MS 분석에서는 단백질의 존재 여부만 확인하는 것이 아니라, 샘플 간 단백질 abundance 차이를 비교하는 정량 분석이 매우 중요합니다. 예를 들어: 질병군 vs 정상군 약물 처리 전후 세포주 간 발현 차이 시간 경과에 따른 proteome 변화 등을 분석하기 위해서는 단백질 abundance를 정…
현대 proteomics 분석에서 LC-MS/MS 시스템의 성능은 단순히 질량분석기 자체의 스펙만으로 결정되지 않습니다. 실제 peptide identification 품질은 다음과 같은 upstream 분석 조건에 훨씬 더 크게 영향을 받습니다. 샘플 준비(sample preparation) 오염(contamination) LC 분리 품질 ion suppression peptide cleanup gradient 최적…
Sequence Coverage, Proteoform, ETD/ECD 그리고 Deconvolution의 진짜 의미 Proteomics(단백체학)에서 가장 널리 사용되는 분석 전략은 크게 두 가지입니다. Bottom-up Proteomics Top-down Proteomics 둘 다 LC-MS/MS 기반 기술이지만, 실제로는 “무엇을 관측하는가” 자체가 완전히 다릅니다. 특히 최근에는: Proteoform 분석 PTM conne…